Le 31 décembre 2019, l’OMS a été informée d’un groupe de cas de pneumonie de cause inconnue détectés dans la ville de Wuhan, dans la province de Hubei en République populaire de Chine. Par la suite, un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) a été identifié comme étant la cause de leur maladie. Sur la base d’une étude d’observation mondiale préexistante des infections respiratoires aiguës sévères (SPRINT-SARI), le Consortium international sur les infections respiratoires aiguës sévères et émergentes (ISARIC) a préparé un protocole de caractérisation clinique des infections émergentes sévères et un cahier d’observation (CRF) pour aider à la collecte de données cliniques standardisées de patients hospitalisés en raison d’une infection émergente sévère. Ce protocole est aujourd’hui appliqué pour les infections possibles ou confirmées par le SARS-CoV-2. Il a fait l’objet d’un examen approfondi et d’une validation par des experts cliniques internationaux.

Dans le passé, les données cliniques sur les infections émergentes n’ont pas été collectées, normalisées ou partagées assez rapidement pour caractériser la réponse à l’épidémie et les soins aux patients. Cette collecte de données standardisées devrait permettre d’améliorer les connaissances scientifiques et médicales et ainsi d’améliorer les soins aux patients. Le premier sujet a été inclus le 7 février 2020 et depuis, la cohorte French Covid de l’Inserm recrute des patients hospitalisés avec une infection par le virus SARS-CoV-2 confirmée par PCR dans 131 hôpitaux en France et Outre-mer. Au mois d’août 2020, la cohorte French Covid a obtenu un financement de la Commission Européenne (appel d’offre Horizon 2020, projet ORCHESTRA) pour rejoindre d’autres cohortes européennes dans le but d’obtenir des données de suivi à long terme (18 mois post-infection) des patients ayant été hospitalisés pour COVID-19.

Les principaux objectifs de cette cohorte étaient de :

• Décrire les caractéristiques cliniques de la maladie
• Décrire, le cas échéant, la réponse aux traitements, y compris les soins courants et les nouvelles thérapies.
• Décrire, lorsque cela était approprié et faisable, la réplication, l’excrétion et l’évolution du virus, au sein de l’hôte, et identifier les déterminants de la gravité et de la transmission en utilisant le séquençage à haut débit des génomes des virus obtenus à partir des voies respiratoires, du sang, de l’urine, des selles et d’autres échantillons.
• Caractériser, lorsque cela était approprié et faisable, les réponses de l’hôte à l’infection et à la thérapie au fil du temps, y compris les réponses immunitaires innées et acquises, les niveaux circulants de molécules de signalisation immunitaire et le profil d’expression génique dans le sang périphérique.
• Identifier les variants génétiques de l’hôte associés à la progression ou à la gravité de la maladie.

L’inclusion de patients dans la cohorte a été suspendue le 26 novembre 2020 avec 4300 patients inclus.

Depuis le 21 avril 2021, la cohorte a repris l’inclusion des patients avec une maladie COVID-19 avec un objectif principal orienté cette fois sur l’émergence de nouveaux variants : décrire les caractéristiques cliniques (notamment gravité et séquelles), virologiques et biologiques jusqu’à 12 mois après une hospitalisation pour une maladie COVID-19 en fonction du type de variant.

Parmi les autres objectifs de ce nouveau volet d’inclusions, en lien avec les partenaires de la cohorte, figurent :

• l’évaluation comparative de l’excrétion virale en lien avec la réponse humorale selon les variants de SARS-CoV-2 responsables de l’infection – CNR des virus des infections respiratoires / Institut Pasteur (Sylvie van der Werf)
• l’évaluation immunologique et inflammatoire des patients infectés par les variants de SARS-CoV-2 (étude ancillaire) – Vaccine Research Institute (VRI ; Yves Lévy)
• la caractérisation de la signature transcriptomique d’infection du SARS-CoV-2 » à partir d’échantillons cliniques et d’épithéliums respiratoires humains reconstitués (étude ancillaire) – CNR virus des infections respiratoires Lyon / Laboratoire Virpath (Bruno Lina)
• l’identification des bases génétiques et immunologiques associées à la gravité de la maladie – Institut Imagine (Laurent Abel)
• la modélisation de la cinétique virale en fonction des différents variants et de la gravité de la maladie – IAME, UMR 1137 Inserm (Jérémie Guedj, Benoit Visseaux)

Les informations relatives à cette étude sont décrites sur le registre ClinicalTrials.org des essais thérapeutiques.