L’objectif est de comparer l’évolution de l’excrétion virale dans les voies respiratoires selon les caractéristiques génétiques des variants responsables de l’infection en lien avec la réponse humorale locale et systémique. La modification de la transmissibilité mise en évidence pour certains variants émergents est potentiellement en lien avec la présence de mutations qui augmentent leur affinité pour le récepteur hACE2 et/ou la capacité réplicative du virus. Par ailleurs des modifications des caractéristiques antigéniques plus ou moins marquées selon les variants ont été observées. Néanmoins, l’impact sur la cinétique et le niveau de l’excrétion virale et sur la cinétique de la réponse humorale n’est pas documentée à ce jour. Une analyse multiparamétrique permettra de comparer l’évolution virologique ainsi que la cinétique de l’apparition des anticorps lors de l’infection par les virus de référence et par les virus variants que l’on distinguera sur la base d’un séquençage par NGS.

L’évolution de la charge virale sera mesurée dans les prélèvements nasopharyngés par RT-qPCR réalisés à l’admission et après 7-10 jours post-symptômes. La capacité réplicative sera également évaluée par quantification des ARN sous-génomiques par RT-qPCR ciblée et la présence de virus infectieux sera recherchée par isolement viral. L’évolution des séquences virales sera établie par comparaison des séquences virales et analyse de l’évolution des variants minoritaires.

Parallèlement, nous analyserons la mise en place de la réponse immunitaire dirigée contre les protéines N et S (IgA, IgM, IgG) ainsi que les anticorps neutralisants à la fois au niveau local dans les prélèvements nasopharyngés et au niveau systémique dans le sérum, ainsi que la durée de la persistance de la réponse humorale. Les analyses feront appel aux méthodes utilisées en routine par le CNR et qui seront adaptées pour la détection des anticorps spécifiques des nouveaux variants.

Les résultats permettront de disposer d’informations concernant la durée d’excrétion virale et du lien avec l’infectivité selon les variants ainsi qu’en fonction d’autres facteurs (sévérité clinique, etc..). Ces données sont susceptibles d’être importantes pour la prise en charge. L’analyse détaillée de la réponse humorale sérique et locale à l’admission documentera les situations de réinfection ou d’échappement vaccinal selon les variants ainsi que l’impact sur la cinétique des réponses au décours de l’infection.