Dans un contexte où de nombreux variants apparaissent, il est essentiel de pouvoir estimer l’efficacité des traitements en cours de développement et de mise en œuvre afin de prioriser ceux sans risque de perte d’efficacité. En se basant sur la signature transcriptomique de patients infectés par un ou deux variant(s) majoritaire(s) en 2021 et en la comparant à celles des souches initiales de 2020 (réalisée grâce à la cohorte French Covid), il sera possible de prédire s’il y a un risque de perte d’efficacité pour un traitement ou s’il n’y aura a priori pas ou peu de perte d’activité. Après cette première étape in silico, le laboratoire VirPath sera en mesure de vérifier, dans ses modèles précliniques, et notamment d’épithélium respiratoire humain reconstitué d’origine nasale, bronchique et alvéolaire infectés par les souches de référence de 2020 (Wuhan et D614G) et les souches UK et d’Afrique du sud (en attente d’obtenir la souche brésilienne), l’efficacité des traitements candidats vis-à-vis du/des variant(s) majoritaire(s) en 2021 et par rapport à la souche endémique de 2020.

L’objectif de cette étude ancillaire est d’obtenir les prélèvements en phase aigüe et de convalescence pour 30 patients (15 patients sévères ayant nécessité une hospitalisation en réanimation et 15 patients hospitalisés dans un service de médecine).